ازاين‌پس محمد خان فرزند ديگرش علم طغيان عليه دولت مركزى برافراشت . « 1 » در سال 1247 ه . ق مهدى قلى خان قرايى با 300 تن سوار به لشكر عباس ميرزا نايب‌السلطنه پيوست و در جبهه مخالف برادرش محمد خان قرار گرفت . « 2 » پس از آن در سال 1248 ه . ق وى به همراه ديگر سرداران همراه با نايب‌السلطنه به مقصد تهران حركت كرد . « 3 » در سال 1265 ه . ق كه تركمانان در شرق ايران شورش كرده بودند ، حسام السلطنه خوانين خراسان را مأمور سركوبى آنها نمود . مهدى قلى خان قرايى هم با 50 تن شمخالچى و گروهى از سربازان گروسى و همدانى و خويى مأموريت داشت تا قلعه خضر بيگ را كه در نيم فرسنگى دروازه پايين خيابان قرار داشت فتح نمايد . « 4 » پس از اين وقايع حسام السلطنه به دربار احضار شد و محمد ناصر خان قاجار به سردارى سپاه خراسان انتخاب گرديد . حكومت محال قرايى به مهدى قلى خان قرايى واگذار شد تا در امور ديوان و نظم سپاه آن قبايل تلاش كند . وى 1200 سرباز قرايى را آموزش داد و به لشكر محمد ناصر خان قاجار پيوست . « 5 » مهدى قلى خان در سركوبى شورش حسن خان سالار شركت داشت و 200 خانوار وى را در تربت حيدريه اسكان داد . « 6 » سرانجام مهدى قلى خان در مشهد فوت كرد و در مقبره خانوادگى در حرم مطهر دفن شد . « 7 » از جمله موقوفات مهدى قلى خان قرايى وقف محمدآباد تربت حيدريه است كه يك‌دهم درآمد آن را براى كليجه ( جامه آستين كوتاه ) و پوستين

--> ( 1 ) - همان / 77 ( 2 ) - محمد تقى خان لسان الملك سپهر : ناسخ التواريخ قاجاريه 1 / 484 - 485 ( 3 ) - همان 1 / 497 ( 4 ) - همان 3 / 1055 ( 5 ) - همان 3 / 1057 ( 6 ) - همان 3 / 1103 ؛ محمد حسن خان اعتماد السلطنه : مرآة البلدان 21 / 998 ( 7 ) - مركز اسناد آستان قدس رضوى : سند شماره 10 / 11852